“好了，十代，和我一起到新的世界去吧！”
我们还来不及对突来变故做出反应，随着神秘人形的话语落下，周遭异变陡生。比诸多台风来袭的狂风大作，突来的强烈光亮从脚底升起，包围整座平台，再延伸到周遭。
待尘埃落定，金色的人影已然消失，而我们也确实如对方所言——
来到一个不曾见闻的“新世界”——决斗怪兽生存的异世界。
那道奇异的光波及的不仅是我们几个人而已，整座决斗学院亦随著刺目的光芒而消失，在原地留下一块深广的圆洞，令接到消息赶回的鲛岛校长目瞪口呆。不过是出个差，回来却发现校舍连带师生全不见了，面对这等非常事态，他当下的首要反应，便是联络佩加索斯会长前来进行危机处理。
国际幻影社与海马集团，在第一时间按照佩加索斯会长的指示，火速封岛，甚至派保全在小岛周边海域巡视，严防消息走漏。否则，届时不只会引起不必要的骚动，还得分神去应付无聊的记者，拖延营救学生的时机。
量子力学的权威图拜因*修坦因博士，长年致力於亚空间研究，本身也是位优秀的决斗者，接到佩加索斯会长以研究名义的请托，他二话不说，慨然应允。年过半百的老科学家，立即在国际幻影社安排下，不到一天的时间，便带领整组研究人员进驻决斗小岛，开始对学院消失的异象进行调查。毕竟他的学生——出身黄宿舍的三泽大地，同时也是决斗学院校本部的高材生，在三个月前于博士的私人研究所进行的空间跳跃实验里，由于机器故障暴走而失踪。很可能是被传送到别的空间去了。于情于理，图拜因*修坦因博士都想对这一诡异事件进行研究。
强烈的白光让我们好长时间睁不开眼睛，然而睁眼之后看到的却是天空高挂三个太阳，巍峨的决斗学院耸立在沙漠中。
而我们几个也还在高耸的决斗塔上，跳下去可不是好办法，我当然知道这是在精灵的异世界，索性直接让宇宙女王具现化。
一手掏出千年邪剑，我大声念着：“cosmo（宇宙女王的称号），现身吧！”
威严的女王再次现身，鞠了鞠躬：“我的主人，有什么需要我的帮助？”
我无奈道：“你看我们离地面有多高就知道了，把我们弄到地面去吧！”
“是！”一串魔咒从宇宙女王的嘴里冒出，出现一道圆形光圈凭空出现在场上，我们赶紧跑到上面去，紧接着宇宙女王魔杖一挥，我们所踩着的圆形光圈一下子变到地面去了。
一下来，翔注意到了天空：“海洋和岛屿到哪去了？为什么天上有三个太阳？”
剑山喃喃道：“是不是我们的眼睛出现问题了？”
“不，我们肯定是来到了异世界！”静英直接下结论。
在我们震惊之时，十代刚才决斗的地方倒塌了。我们准备逃时，奥布莱恩现身了，他原来被压在那个密室里，现在由于地面的裂开，出来了。于是，我们背着奥布莱恩到学院的教室去。
库洛诺斯教授和拿破仑教头也发现了异状，居然想打110和119，但是结果当然是打不通了。
突然拿破仑教头眼尖，发现天上有什么东西在飞，自然以为是救援部队开的飞机，但是越来越近，却发现根本不是飞机，反而是神鹰女郎。神鹰女郎爪子一伸，把库洛诺斯教授拽住了，拿破仑教头自然抓住库洛诺斯教授的脚，但是两人反而被一起拽住了。
这时我们几人也赶来了，羽翼栗子球实体化了，连剑山都能看到了。而青玉天马也给约翰传音，叫他用决斗盘把它自己召唤出来。
约翰深信不疑，决斗盘一展，牌组放好，把青玉天马的卡放在决斗盘上，喊着：“出来吧，宝玉兽青玉天马！”
击退神鹰女郎的过程，和以往的决斗情形相差无几，然而，这些战斗怪兽，现在却成了活生生的生物，受损的生命值或直接反应在决斗者身上，对身体造成伤害。
联系了鮎川恵美老师后，我们让十代安心养养身子，而万丈目也好转了，他在和阿蒙决斗后，决斗能量也被吸走，着实在床上躺了一段时间。
约翰自然地引导我们，竟然来到了异界，首先考虑的生存问题。我们这些不爱动脑筋的家伙也就由着约翰去指挥，而奥布莱恩则负责保护工作。
首先我们将所有学生集中到了体育馆，集中之后，似乎找不到阿蒙，全校被波及的学生及老师大概有一百人左右。告知了这群学生在我们这个决斗学院发生的不可思议的事情，体育馆闹哄哄的，学生们都很不安，不能静下心来。
但是当多美婶告诉我们食物只能大概维持一周，学生再也无法平静了，纷纷闹着要分食物之内的。在我们吵闹的时候，阿蒙出现了，他告诉我们外面似乎出现了什么人在接近学院。
出去一看，竟然是三泽大地，而且有神鹰女郎在追赶他，我连忙让宇宙女王实体化，驱赶神鹰女郎，救下三泽大地。当三泽大地松了一口气后，告诉我们，他在数月前协助图拜因*修坦因博士的实验中，意外落入这个世界，已经独自挣扎求生了三个月之久。
而之前阿蒙被眼镜蛇教授困在了神秘生物的面前，那个神秘生物诱导出了阿蒙内心的黑暗，并且仅仅只恢复了一个手臂的神秘生物住在液体槽里，但是来到这个异世界的晚上，阿蒙在存放液体槽的图书馆里，却没有发现“他”。
而红宿舍的礼在夜晚的校舍走廊，遭不明物体袭击，手臂上留下狰狞的抓痕，奇怪的是伤痕并没有流血，而是呈现闪亮的淡金色，而与她同行的黄宿舍学生、拿破仑教授的儿子——马尔登，则离奇失踪。
保健室的鲶川老师诊断，礼的伤需要一些学院没有库存的专业药物。幸好三泽在前来学院中途，曾在附近的沙漠看到不知打哪来的军用潜水艇，既是军方的东西，艇上想必有丽需要的药——抱持这样的可能性，于是约翰与十代、欧布莱恩和我、吉姆和阿蒙六人，组成小队前往沙漠探险，找寻三泽口中的潜水艇。
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