注：大纲和情节不符的地方，以情节为主。
PS：最近可能会因为工作等原因无法保证周更，请读者见谅
第09章新希望
痛定思痛，卫凌风决定掌握驾驭δ22的方法，沐兰坦白说卫凌风经常吃的抗排斥药物中，有一部分药物抑制着δ22的活性。
被乔恩带来的基因改造小人活了过来，沐兰给她取名叫蜜儿。
议会开始讨论是否要对商船进行武装押运，或是给飞船配备防卫武器，面对反对的声音沈绯痛斥某些议员“根本不了解外面的世界”。
随着郢都航空港重新启用，雨鹰快递的经营状况开始好转，诺家拿出存款想买新飞船入股雨鹰快递，但诺家兄妹那不敢让人恭维的技术水平让所有人头大……
雨鹰快递的四个股东前往家园3号的工厂购买新飞船，却得知因为议会的扯皮加上用户的不满，飞船的模块组装暂时停工。这也就意味着卫凌风他们得自己动手组装新飞船。在工作中他们遇上了乔恩的妹妹，飞船发动机设计师乔绮露，李朔从乔绮露那里得知军方正在研制曲速率发动机，而且取得一定进展，这让李朔萌发了设计新飞船的思路，并大胆地为组装中的松狮犬2号加上了自卫武器模块。
议会讨论商船武装押运的事情没有结果，陈学林默许沈绯的建议，为民用商船提供自卫武器，让民众自己去选择。
第10章宇宙深处的风
为了帮助诺雷和诺莉积攒工作经验以便顺利通过资格考试，卫凌风冒险接了前往哈西姆的附庸国卡拉斯的贸易走私单，驾驶着雨鹰号偷偷飞越国境线，为了安全起见杨扬也一同前往。另一边，斯瓦克的战火平息，高晓青收到了莫格斯报平安的消息，和罗平、佳绮和李朔一起，驾驶着新飞船松狮犬2号号前往斯瓦克。
升迁进入参谋总部的罗漾和同事们的相处并不愉快；沈绯在郢都的工作结束，调任至纶星领事馆。
在星球卡拉斯，一位任性的乘客登上雨鹰号，要求前往另外一个名叫鲁格的星球。见此人是个土豪，卫凌风勉强答应了他的要求。土豪名叫伦迪·卡拉斯，是卡拉斯星球的王子，当飞船行驶到路程一半的时候飞船雷达侦测到有好几股强烈的γ射线暴突然爆发，雨鹰号幸运地抵达鲁格星球，而卡拉斯星球则被γ射线暴削去了大气层。
盘踞在鲁格星球的除了长着三只眼睛的土鲁格人，还有卡拉斯星球的奴隶，得知卡拉斯遭到灭顶之灾，奴隶们开始造反。在混乱中雨鹰号和苍鹰号相遇，舰长潘德伦正在用走私的武器和奴隶们交换卡拉斯的矿石，由于他的出面斡旋伦迪·卡拉斯暂时保住一条性命。和潘德伦的**的交谈中卫凌风得知了伊恩的死讯，悲伤之余卫凌风想起了回到斯瓦克的莫格斯，无奈γ射线暴阻了一切通讯。
参谋总部研究了罗漾从斯瓦克带来的通讯干扰仪，发现其作用原理。来自宇宙深处的射线暴阻断通讯的同时扰乱了通道内的电磁环境，位于交通枢纽的纶星随时面临着危险。宋诗齐等天体物理学家冒着危险赶到纶星进行支援，要求星球外围一切生命体统统转移至相对安全的纶星地下基地，面对固执己见、漠视他人生命的阿扎克将军，女学霸彻底怒了。
高晓青一行人也被困在斯瓦克，而潜藏起来的恐怖分子趁着这次动乱又开始了新一轮的恐怖行动……
为了能尽早离开这颗危机四伏的星球，卫凌风和梅子依据传言去寻找鲁格人的长老，在半路上他们碰上了几个长着三只眼睛的鲁格人，鲁格人告诉他们宇宙深处的黑洞正在吞噬一颗超级巨大的人造星体，这也许就是这次宇宙异变的原因，并且鲁格人把通道称为“蠕虫洞”，说它们是另外一个非常古老的种族留下的。流放在鲁格星球的奴隶们为了争权夺利开始自相残杀，冲突波及到了雨鹰号和苍鹰号，无奈之下两艘飞船只得冒险飞向射线暴肆虐的宇宙，负责探路的苍鹰号碰到了一艘奇怪的蜂巢状飞船，当飞船打开的时候所有人看到的蜂窝一般的结构，还有里面密密麻麻数不清的爬虫形态的机器人。
苍鹰号在被击毁之前通过短距离频道向雨鹰号传输了这些画面，潘德伦让卫凌风活着把情报带回去然后没了音讯。卫凌风忍着悲痛驾驶着雨鹰号飞向炽热的恒星，并利用恒星爆发出的耀斑消灭了紧追不舍的机械爬虫军团。
斯瓦克星球的分裂势力再次开始围攻苏玛，松狮犬2号加入政府军，民用飞船第一次投入战斗。
射线暴波及了纶星，躲在地下基地的人们逃过一劫。
遭到恒星射线损毁的雨鹰号向周围空域发出求救信号，却收到了一个救生舱发出的求救信号，雨鹰号飞到救生舱所在的空域并将其救下，救生舱里装着一个带着白色宠物松鼠的女孩，自称名叫阿丝莉，卡拉斯人，但是伦迪觉得她不像卡拉斯人。
γ射线暴渐渐平息，雨鹰号和祖国取得联系，及时传回机械爬虫军团的信息。另一边，高晓青和卫凌风联系上了，告诉他松狮犬2号遭到损毁，莫格斯一家平安无事。斯瓦克的内战继续爆发，哈西姆人以救援为旗号将舰队开进整个天琴主星系，一场战争在所难免……
第11章三方会谈
γ射线暴造成纶星港大部分设施严重损毁，阿扎克将军的政敌们假意援助实则和哈西姆人暗中串通，想要一举吞下纶星这个宇宙交通枢纽。天琴人在此时公布了曲速率飞船的研究成果，恰好机械爬虫军团接连袭击了哈西姆人控制的太空城和军事要塞，面对所有势力共同的威胁，三个大国终于可以坐下来谈判。
雨鹰号穿越哈西姆舰队的封锁线返回国内，因为母星被毁伦迪和阿丝莉成了难民。看到三方会谈的消息伦迪幻想着和哈西姆人取得联系，却被对方泼了一盆冷水。雨鹰号修整完毕迅速前往斯瓦克和高晓青等人会合，在斯瓦克星球外围，雨鹰号侦测到了哈西姆人的舰队和登陆要塞，为了尽快撤离高晓青他们，卫凌风驾驶飞船紧急迫降于苏玛城外。
沐兰得到了几只机械爬虫做研究，得出的结论是机械爬虫的主要攻击对象不是人，而是机械。乔恩推测卫凌风身体内的δ22和机械爬虫存在可以沟通的可能性，却遭到沐兰的反对。
雨鹰快递员工和莫格斯一家安全撤离到了雨鹰号上，但此时斯瓦克星球外围的战斗彻底爆发，通过实况转播人们第一次看到了可以无限接近光速的曲速率飞船。
在会议上阿扎克将军当面戳穿了伊瑞斯等人的诡计，面对政治已经严重分裂的萨瓦人，沈绯意识到自己对萨瓦人的了解相当滞后。哈西姆人自以为得势，却收到斯瓦克前线全面溃败的消息，天琴方面不想让事态扩大，可是因为历史积怨过深，三方联合宣言根本没法签署。妄图浑水摸鱼的伊瑞斯计划同样落空，恼羞成怒之余命令手下前往斯瓦克，击毁天琴人的飞船以便泄愤。
第12章暗流
因为连年内战的原因斯瓦克联邦已经相当虚弱，作为盟友天琴人开始提供各种物资支援，伊瑞斯的手下不断袭击运输舰队，与此同时机械爬虫军团开始在宇宙中到处肆虐，迫不得已天琴共和国参谋总部下达了消灭一切敢于进犯的敌对势力的命令，伊瑞斯的舰队被困在了由无人曲速率飞船飞行所产生的“黑域”之中。
阿扎克将军返回皇都，向皇帝陈述三方会谈的内容并劝皇帝进行政治和外交改革，却悲哀地发现皇帝已经听不进去任何人的进谏。和伊瑞斯同一阵营的图卡将军诬陷阿扎克和天琴人串通，并拿出了阿扎克和乔恩的秘密会谈录音，皇帝一怒之下解除了阿扎克将军的一切职务，将其软禁。
伊瑞斯如愿以偿地拿到了纶星港，可是他已经是光杆司令一个。之前一直被阿扎克提防的量子银行董事长杰伊斯趁机和伊瑞斯、图卡秘密接触，鼓动他们向天琴人动手并以抵押纶星港为条件，提供战备物资和贷款。
因为和斯瓦克星球的运输量激增，雨鹰快递的效益明显好转，再加上之前共同经历的风波，学霸团队和本地**丝终于团结在了一起。作为宇宙难民，伦迪和阿丝莉也被雨鹰快递收留，阿丝莉对卫凌风相当感兴趣，这引起了梅子的醋意……
重整旗鼓的伊瑞斯向图卡将军借来了兵力，面对拥有曲速率飞船的天琴人却迟迟不敢下手。由于量子银行的渗透纶星成为了一个各种势力横行的是非之地，沈绯和领事馆全体成员撤回国内，承担领事馆撤离运输任务的恰巧正是雨鹰号。
第13章宁静海
仿佛是冥冥之中的宿命，载有外交官的雨鹰号再次遭到劫持，伊瑞斯的手下杀掉了杨扬和罗平，想起自己在三方会议期间曾经遭到沈绯的讽刺，伊瑞斯当着所有人的面一根一根地切下沈绯的手指并扬言要炸毁雨鹰号。卫凌风精神崩溃导致δ22彻底失控，当他听到帕夏公主的声音清醒过来的时候纶星港的一切港口设施全部被毁，甚至连纶星地表也受到波及……
慌乱之中卫凌风想要驾驶雨鹰号逃离却被天琴军方舰队的拦截，所有幸存者被带至家园3号。面对悲痛欲绝的罗漾卫凌风倍感自责，在所有人不知情的情况下偷偷驾驶着雨鹰号逃离了家园3号。
在超新星爆发的遗迹“宁静海”，卫凌风试图自杀却被δ22阻止，这时偷偷躲藏在飞船里的阿丝莉出现，告诉他这起事件的幕后黑手是杰伊斯，更是操纵他的人造巨行星“贤者殿”。
“贤者殿”是美莹人的精英阶层为了永久保持自己的大脑以达到永生而建造的，一开始全部是优秀科学家的大脑，后来随着科技发展和道德不断沦丧，“贤者殿”中的大脑已经全部被替换成了权贵和大财阀的。作为最早开发“贤者殿”的科学家之一，阿斯莉的大脑幸免于难，但是仍然被逐出“贤者殿”核心区，成为维护系统运转的一部分，“贤者殿”一直在宇宙中漂泊，不断吞噬自己遇到的一切物质，直径甚至膨胀到20光年，直到遇上黑洞，所拥有的物质被削去一半，直径也由20光年缩小至6光年，阿丝莉也得以趁机从“贤者殿”逃出。人造人杰伊斯只是“贤者殿”操控的玩偶，没有任何自主意识，而且被“贤者殿”操控的杰伊斯不止一个，根本杀不完。
阿丝莉告诉卫凌风，无论他跑到哪里，都会被人盯上并带来灾难不仅仅是萨瓦人，“贤者殿”和机械爬虫军团也盯上了他。阿丝莉希望卫凌风能帮助自己向“贤者殿”复仇，作为回报，她会教他正确使用δ22的方法。阿丝莉的宠物、名叫CO**OS的白色松鼠其实是构建自己身体的名为“复合知性体物质”的一部分，δ22和阿丝莉身体的作用原理类似，只不过由于硅原子在仓促之中被临时替换成了碳原子，才造成了各种排斥反应和使用上的不便。
面对阿丝莉的提议，卫凌风犹豫了，此时他的耳畔再次传来帕夏公主的声音……
（第二阶段结束）
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