地灵居住的地下世界。幻想乡人类人口的暴涨引发妖怪之间争论之时，贤者八云紫提出人妖共存和维持平衡的生存方式虽然得到大多数幻想乡居民的认可，也同时有部分妖怪并不认可，於是它们迁居於地下，并与八云紫等协定互不干涉，从而形成地底界。随着地下泉异变的解决，地底的妖怪们逐渐接受了地上的共存方式，不再强行阻拦地上居民前往地底，同时偶尔也会到地上行动。地底界的妖怪通常拥有对人类较危险、恐怖的能力（诅咒的能力），但对地面上的妖怪就没什麽大不了了。
旧都
以前为地狱的一部分。鬼、或是持有强大力量的妖怪都有住在这里。外观就和江户市集一样，充斥着居酒屋、庭楼，甚至比幻想乡繁华。
地灵殿
由古明地觉在灼热地狱上建立的中央温控中心，内里住有大量宠物，包括火焰猫磷、灵乌路空等，功能上有效管理了地狱的温度以及数以千计的怨灵。目前是由核能来进行调温。
里面格局充满棋盘红砖和彩色玻璃，有浓烈的西洋风格。中庭则是巨大的火炉，上面有天窗散热。
因为没有妖怪和鬼的骚扰，加上这里已经不是惩处罪人的地狱（旧地狱遗址一部份），地灵殿已经变成了觉的宠物和怨灵们的游乐场所。
魔法森林
聚集着幻想乡中的「魔」的森林。幻想之中一般以「森林」称呼「魔法森林」。这森林有妖气弥漫，飘着妖菇的孢子，形成普通人不能忍受的瘴气，不单是人，连妖怪也不想靠近。能忍受这里的瘴气的人类则能够住在这里，可以保自己不受妖怪袭击。另外那些妖菇的孢子带来的幻觉，其实也可以提高人类的魔力，所以立志使为魔法使的人都会前来这里居住。森林内有雾雨魔理沙的家「雾雨魔法店」、爱莉丝·玛嘉特罗伊德居住的「玛嘉特罗伊德宅」（マーガトロイド邸）、光之三妖精居住的「在没有尽头的前方屹立的树」（果てしなく前から立っている大木）。森林的入口则有古代道具屋「香霖堂」。
玄武之泽
魔法森林附近的溪流。崖边可见到玄武岩的柱状节理。附近有无数洞穴，其中有祭祀玄武的、有光苔生长的等等。这地是由很久以前妖怪之山的一次火山爆发而形成的。
人间之里
幻想乡大部分人类都住在这里。这里有妖怪的贤者保护人类不受妖怪袭击。幻想乡一般以「里」称呼「人间之里」。里内有河童所雕造的龙神石像，石像中眼睛可用作测量天气，准确度达70%左右。里中也有专门服务妖怪的商店，人类的博丽灵梦、十六夜咲夜，或是妖怪的八云紫（实际上大多数时候是派遣其式神八云蓝）、风见幽香都会来这里购物。上白泽慧音在这里开设私塾居住，稗田阿求也住在里中。还有，雾雨魔理沙的故乡－大道具店「雾雨店」也在人间之里中。
香霖堂
香霖堂（こうりんどう）是由森近霖之助经营的旧物店。位於博丽神社、人间之里、魔法森林之间。虽然有很多外界的物品（例如个人电脑、数位相机、炉等等），不过展示的货品都不会列出价钱，店内大部分也是非卖品。
命莲寺
妖怪尼僧圣白莲以她的弟弟－「命莲」命名的妖怪寺院。功能是提供妖怪和人类参拜，创造一个人类与妖怪都能和平共处的世界。但实际上的功能是封印住寺院底下千年以前不为人知的秘密－「大祀庙」。里面的妖怪僧基本上和一般寺院的僧侣没麽两样，早上出来打扫、诵经，晚上出来吓吓人，但基本上是不会害人的。後院就是坟场，一些必须以吓人为粮食的妖怪也会居住在这里，然後走下去会到地底的钟乳石洞穴，地底下封印着大祀庙，由邪仙霍青娥守护。
圣荤船
由舟幽灵村纱水蜜驾驶的飞船。原本是白莲为了让她离开原本海域而下的「令」。
依照神灵庙的故事演进，最後被改建为命莲寺。
法界
由大尼公魔法使圣白莲创造的世界，方位位於魔界的上空。
依照白莲所崇信的「法」订定出规则，无论何种生命，在法界一律平等，包括人纇、妖怪、一切的魔界生物。
但事实上人类根本无法到达法界，因此法界住的全都是妖怪。
因为法界也是魔界的一部分，因此人类在法界待久了，有可能变成妖怪（基本上是魔法使）。
但即使变成妖怪，心灵与精神在法界都能的到平静，几乎是一个涅盘的世界。
仙界
仙人居住的平行世界，里面的空间会无限延展，可任意连接显界。神子将道场设立於此。
梦殿大祀庙
命莲寺的另一个功能，或许也是最主要的功能，就是封印住这座大祀庙。原因不外乎里面封印着一个对妖怪具强大威胁性的人类。
在据幻想乡一千四百多年前，圣人丰聪耳神子迁居於此，其一是为了传播道教，其二是为了长生不死的仙术－「屍解术」。为了这项实验，神子与物部一族的道士物部布都长眠予此，而邪仙青蛾守护着祂们的大体，直到祂们两个苏醒的一天。
但事情并未如此顺利。妖怪们惧怕这位圣人的苏醒，再者，如果屍解术成功了这位圣人将不再死亡，势必对妖怪造成威胁，因此命莲寺的落成封印了大祀庙，同时也阻碍了神子的屍解术。
就这样过了一千多年，神子的种种神蹟逐渐被世人淡化成谣言，事实变成了虚构，这就是引发屍解术成功的钥匙，而神子在千年的沉睡中终究苏醒。
现在的大祀庙成为了幻想乡另一股崛起的宗教势力。总之，这位崇高圣人苏醒了，想必遵从佛法的命莲寺也不会坐以待毙。
大祀庙里收藏着许多宝物、法器。
「梦殿」名字是来自於法隆寺其中一殿，里面安置着圣德太子的救世观音像（神子其中一张符卡）。但「大祀庙」点明了这并不是佛教的寺庙，而是道教的庙宇。
其他
雾之湖
妖怪之山山脚附近的一个终日被浓雾包围的湖。妖怪之山的水会流向这里。虽然雾使得这里能见度很低，但以面积来说，环绕湖步行一周大概需一小时。
荒废洋馆
雾之湖附近，与红魔馆相反方向的一个骚灵屋。普利森瑞柏三姊妹住在这里。原本是外界「普利森瑞柏伯爵」居住的屋子。
无名之丘
与妖怪之山正反方向的一个低山草原。在春天时会有铃兰盛开。「无名之丘」这个名字的来源是由於以前未有博丽大结界的时候，人们会把未起名的婴儿丢在这里让他们被铃兰毒气毒死，故而得名。
太阳花田
妖怪之山反面内呈鉢状的草地。在夏天时会有向日葵盛开。妖怪和普利森瑞柏的乐队在夏天的夜晚都会在此举行演奏会。
花映塚对风见幽香的关卡以此处作为舞台。
猫栖息的村落（マヨヒガ）
远离人里的一个深山村落。住着一群由橙领导的猫。
八云紫的屋
位於幻想乡的东北边，与博丽神社一样位於大结界边缘的一个古旧屋子。八云紫和八云蓝都住在这里。屋内放有外界的书本和道具。
另外花映塚中有「妖怪兽道」和「幻草原」两个地名出现，但它们的所在位置则不明。
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